Новым сертификатом ЭП подписывать отправку отчетов в 1С-Отчетность можно только после регистрации нового сертификата в сервисе. Для этого устанавливаем сертификат на компе, переходим:
Отчетность, справки — 1С-Отчетность
Настройки — Заявление на подключение к 1С-Отчетности
Заполняем галки как на скриншоте. Место хранения — На этом компьютере — выбираем новый сертификат, подписываем и отправляем заявление.
После этого ОБЯЗАТЕЛЬНО связываемся с организацией франчайзи 1С, который нас курирует, и просим перенаправить заявление. Можно по телефону, можно письмом.