Перед этим на сервере с помощью утилиты сформировали секретные ключи и файлы запросов. Получили файлы сертификатов и передали их по электронке на регистрацию. После регистрации в криптоПро прописал эти сертификаты в контейнеры. При попытке подписать документ выдает 'com.otr.cryptonew….:issuer certificate or Intermediate CA not found at store …Проблема в том,что надо было установить квалифицированный сертификат УЦ УФК. Установил, заработало.помощь получил по телефону 495 633 1531